Après avoir fait école dans les grandes maisons parisiennes de confiserie et chocolaterie, Joseph Pelen fait l’acquisition de la confiserie Bajard, située 9 rue Lecourbe à Lons-le-Saunier et se lance dès 1899 dans des produits fins dont la qualité est reconnue dès 1900 par une médaille d’or à Paris. La grande aventure commence !
Ses deux fils Louis et Jacques entrent dans l’entreprise en 1922. En 1923, l’entreprise décide d’acquérir les immeubles de la rue Regard et de développer la fabrication du chocolat avec des ateliers mieux équipés pour la torréfaction de la fève de cacao et la fabrication de la couverture de chocolat. Les ateliers du” Pontot” sont construits en lieu et place des vastes écuries.

Cette même année est ouvert un salon de vente et de dégustation 55, rue du commerce, remplacé en 1944 par celui que nous connaissons aujourd’hui Place de la Liberté. Le fondateur Joseph disparu, ses fils Louis et Jacques poursuivent l’œuvre entreprise par leurs parents.

En 1934, la maison Pelen s’installe à Lyon. Les laboratoires se situent alors rue Auguste Comte, les boutiques au 48 rue de la République et rue Victor Hugo.
C'est au tour de Dominique et Henri de reprendre le flambeau. Dominique s’attache avec passion à perpétuer qualité et tradition pendant qu’Henri gère la partie administrative. Le salon de thé est ouvert à Lons-le-Saunier. Durant les années 1980, la tradition et le savoir-faire Pelen perdurent et servent aussi à de nouvelles créations : les Galets de Chalain ou Pavés des Arcades, deux des "musts" de la chocolaterie sont inventés à cette période.
En 1995, Dominique prend sa retraite et laisse à son fils Arnaud les rênes de la Maison ainsi que le secret des savoir-faire comme des recettes Pelen. Cette même année, le bonbon de chocolat « L’Isle d’or » est créé, à l’occasion du centenaire de la chocolaterie Pelen.

En 2004, nouveau déménagement de nos laboratoires de fabrication dans un bâtiment de 1200m², La Fabrique, à l’entrée de Lons-le-Saunier. Celui-ci accueille un nouveau point de vente qui sera agrandit en 2016, tout comme les laboratoires.

En 2008, à Lons-Le-Saunier, le magasin du centre-ville et son salon de thé sont rénovés et la Maison Pelen ajoute à sa liste de créations les macarons maison (lien possible vers page Macarons). A Lyon, la boutique qui se situe au 74 Avenue de Saxe est embellie en 2011.
En 2017, la Maison Pelen ouvre une nouvelle boutique située à Bourg En Bresse. Le site internet (créé en 2009) est totalement refondu et permet désormais à nos clients de passer leurs commandes de pâtisseries jusqu’à la veille au soir minuit, pour un retrait en boutique dès le lendemain matin.